新旧两版有机肥料标准的主要差异。
1.1新标准放宽要求的质量指标。
新标准将有机肥料的水分含量由≤20%放宽至≤30%，酸碱度（pH）由5.5～8.0放宽为5.5～8.5。水分含量和酸碱度要求的放宽是为了满足企业和用户在生产和应用的要求，由于旧标准对水分要求严格，生产企业不得不增加了成粒后继续烘干这个环节，产生了不必要等能耗。新标准水分含量有所增大，高水分也容易滋生肥料中杂菌，而新标准对蛔虫卵和大肠杆菌值指标没有变化，保证了质量，防止不合格的产品流入市场。对生产企业来说，仍需对有机肥原材料和产品进行无害化处理。新标准结合实际地对有机肥水分的放宽，一方面可以做到节能减排，另一方面在保证产品合格的情况下给肥料中有益的微生物提供良好的生存环境。
1.2 新标准重新定义的技术指标。
有机质含量是有机肥料关键的技术指标，其含量决定了肥料的商品性。无论是企业还是质检部门在实际的肥料检测工作中，有机质的检测方法一直存有争议，这给肥料生产配方和指导施肥带来不便。新标准选择GB18877-2002有机-无机复混肥料为有机质测定方法，增加了氧化校正系数1.5，新标准对有机质含量的重新定义，与GB18877-2002一致，解决了存在的争议，有利于对有机肥的质量控制。
1.3 新标准严格要求的技术指标。
有机肥的总养分含量低是有机肥难以取代化肥的主要原因之一，提高有机肥中的总养分含量已经成为亟待解决的问题；由于有机肥原料来源多样，容易带来重金属污染。新标准一方面提高了有机肥的养分含量要求，将总养分（N+P2O5+K2O）含量从≥4.0%提高至≥5.0%；另一方面，对有机肥中的重金属含量作出了更严格的限制（见表1）
表1 欧洲国家与中国对有机肥中重金属的限量标准对比（6、7）(mg／kg)
Cd Pb Hg Cr As
澳大利亚 4.0 500 4.0 150 ---
比利时 5.0 600 5.0 150 ---
加拿大 3.0 150 0.8 210 13
德国 1.5 150 1.0 100 ---
中国（旧标准） 3.0 100 5.0 300 30
中国（新标准） 3.0 50 2.0 150 15